Poco después, el 24 de noviembre dimitía el presidente Arturo Tuzón en la que era su octava temporada al frente del club, y fue nombrado Melchor Hoyos Pérez hasta las elecciones a la presidencia. Durante la presidencia de Paco Roig se incorporaron novedades como el uso del valenciano a través de la megafonía del estadio o el desfile de bandas de música de distintas localidades valencianas sobre el terreno de juego antes de los partidos y durante los descansos. El terreno de juego empezó a parecerse a una piscina, casi impracticable, pero aun así en el minuto 70, Mijatović ejecutó perfectamente una falta directa que supuso el empate 1-1. Los valencianistas bajo la lluvia celebraron el gol en las gradas como pocas veces se ha celebrado, pero cuando la lluvia se convirtió en granizo, el árbitro José Mª García Aranda decretó la suspensión del partido en el minuto 79. Al no detenerse la tormenta fue imposible reanudar el encuentro. Solo un minuto duró la ilusión valencianista de poder celebrar un título, segunda equipacion valencia pero esta final supuso el reencuentro del valencianismo con la ilusión de volver a ser campeones. El debut valencianista en la UEFA se presentaba de lo más complicado al enfrentarse al vigente campeón: el Bayern de Múnich.
El equipo arrancó muy bien la temporada, siendo incluso líder en tres jornadas, pero todo cambió bruscamente a partir del desastre de Karlsruher en la Copa de la UEFA el 3 de noviembre de 1993 cayendo por 7-0. Después de aquella goleada el equipo tuvo dos derrotas consecutivas en liga, lo que desembocó poco después en la destitución del técnico Guus Hiddink a mediados de noviembre, sustituido por Paco Real, hombre de la casa. La Copa de la UEFA dejó un amargo recuerdo entre los aficionados valencianistas, ya que en la primera ronda cayó en la ida por un contundente 1-5 frente al Nápoles entrenado por Claudio Ranieri, con los cinco goles anotados por el delantero uruguayo Daniel Fonseca, nombre difícil de olvidar por el valencianismo desde aquel día. De forma casi imparable el equipo se acercaba a la cabeza de la clasificación conforme avanzaban las jornadas, con un Mijatović en su mejor temporada valencianista logrando 28 goles. En la penúltima jornada en Mestalla se logró vencer 1-0 al Espanyol con el último gol como valencianista de Arroyo tras once temporadas, y esta victoria daba la posibilidad de ser campeones en la última jornada. La temporada 1995/96 supuso recuperar el pantalón negro al primer uniforme valencianista tras más de sesenta años con el pantalón blanco.
El Valencia ha continuado de la mano de Adidas pero con muchas novedades en su primera equipación para conmemorar los cien años del club. Finalmente el equipo quedó en un insuficiente 7.º puesto en esta loca temporada, fuera de las posiciones europeas, y, como anécdota, en la última jornada el Valencia se convirtió en protagonista al empatar 0-0 en Riazor ante un Deportivo de La Coruña que podía proclamarse por primera vez en su historia campeón de Liga, pero un penalti detenido por González a Djukic hizo que el título fuese para el Barcelona. La convulsa temporada 1996/97 empezó para el Valencia bastante mal perdiendo las dos primeras jornadas y con una crisis de vestuario debida a la mala relación entre Luis Aragonés y Romario. Fue un encuentro amistoso ante el PSV Eindhoven que finalizó con victoria holandesa por 5-6 con tres goles del homenajeado matador argentino y otros tres goles del joven brasileño Romario. En el partido de vuelta el técnico fue José Manuel Rielo, el 13 de junio en el Carlos Belmonte, donde se ganó 1-2 con goles de Robert y Penev.