La oferta de Lim no la tuvo en cuenta Bankia y siguió con su proceso de venta, pero ante la falta de información y transparencia, el presidente Salvo comunicó en una asamblea informativa el 24 de enero de 2014 que el proceso de venta no debía llevarlo a cabo Bankia sino la Fundación VCF al ser el máximo accionista. Esto obligaba a negociar una refinanciación de la deuda mientras el máximo accionista, la Fundación VCF, no podía devolver el préstamo, lo que provocó la intervención del avalista: el IVF de la Generalidad Valenciana, pagando con dinero público parte de los intereses del préstamo: 4’8 millones de euros. Esta televisión es un ejemplo de nuevo medio de comunicación institucional en el que periodistas especializados (in house) producen contenidos que consumen otros medios y también público final. El control accionarial del club queda en manos de la Fundación Valencia CF con el 72% de acciones al comprar (gracias a un préstamo de Bancaja avalado por el gobierno valenciano) todas las acciones no vendidas al público. La intervención del gobierno valenciano como avalista hizo que se nombraran nuevos patronos en la Fundación para tener un mayor control sobre la refinanciación de la deuda.
La respuesta del presidente Amadeo Salvo fue que Bankia no era quien debía decidir el futuro inversor, y presentó el 22 de diciembre el interés del multimillonario Peter Lim en comprar el club con un proyecto deportivo de máximo nivel. El equipo dirigido por Unai Emery logró disputar cada temporada la Liga de Campeones, camisetas de futbol mientras el club incorporaba futbolistas jóvenes o poco conocidos que hacían disminuir el nivel de la plantilla. Voro tampoco contó con los refuerzos de invierno, pero con un cambio de sistema de tres centrales con carrileros, finalmente el Valencia lograría su salvación matemática en la victoria ante el Real Valladolid por 3-0 donde Maxi Gómez lograba un doblete tras una gran sequía de goles y Thierry Correia ponía el broche al partido y firmando así una buena temporada a nivel individual, aunque decayó ligeramente las últimas jornadas. Con Héctor Cúper como técnico, en la temporada 1999-2000, en su debut en la moderna Liga de Campeones el club llega por primera vez en su historia a la final de la Champions pero es derrotado por el Real Madrid tras haber hecho un inmejorable campeonato. A finales de la década, el club inicia su segunda época dorada con la llegada del entrenador italiano Claudio Ranieri, del veloz goleador Claudio «Piojo» López y de Gaizka Mendieta, que conquistan la Copa del Rey 1998-1999 y consiguen la primera clasificación del equipo para disputar la moderna Liga de Campeones.
Decisión acertada a posteriori, ya que a continuación llegaron tres victorias consecutivas para terminar el año. Posteriormente en el año 1999 se le cambia de nuevo el nombre y pasa a denominarse CA Valencia Terra i Mar. La primera mitad de los años 2000 suponen la culminación de la nueva época dorada del Valencia CF. La primera mitad de la temporada el equipo termina en un triste 14.º lugar a tan solo 3 puntos del descenso. La votación final de los 22 patronos de la Fundación VCF tuvo lugar el 17 de mayo de 2014 y entre las ofertas finalistas escogieron por unanimidad la oferta del empresario Peter Lim (Meriton Holding Ltd.) como comprador del paquete accionarial. Mientras tanto el equipo cayó derrotado en las tres primeras jornadas de liga dando una muy mala imagen, sobre todo Jorge Valdano en El Sardinero al dejar a su propio equipo con un hombre menos al incluir cinco jugadores extracomunitarios sobre el terreno de juego (en lugar de los cuatro reglamentarios). Este error, sumado a la imagen y las tres derrotas consecutivas, terminó con la paciencia de un ya nervioso presidente Paco Roig que no le tembló el pulso al destituir a Jorge Valdano como técnico.