Llegó una de las sensaciones de la temporada: el delantero rumano Adrian Ilie. Los máximos goleadores fueron Claudio López, que ya empezaba a ser letal con su velocidad al contragolpe, y Adrian Ilie con 12 goles cada uno, aunque el rumano anotó uno más en la Copa. En UEFA se llegó a los cuartos de final pero no se plantó cara en ninguno de los dos partidos al Schalke 04, y en liga se terminó 10.º con un Claudio López casi desaparecido al haber anotado sólo cinco goles oficiales. Se terminó ganando 3-4 con goles de Morigi (69′), Claudio López (73′ y 88′) y Ariel Ortega (89′). Luego la goleada 6-1 al Racing con el estreno goleador liguero de Ilie haciendo una pareja letal con «el Piojo» López, y la tercera en el Santiago Bernabéu con goles de Mendieta e Ilie. El equipo se reforzó en el mercado de invierno con incorporaciones como Leandro y Cáceres, y ya en marzo de 1997 llegó «el Burrito» Ariel Ortega. Se cierra la temporada con un discreto noveno lugar cerrando Liga con una derrota por 1-0 de visita contra el Sevilla, camiseta valencia el equipo cae en octavos de Champions League con un global de 8-4 contra el Atalanta de Bergamo BC..
En la UEFA se superó por al Slavia de Praga y en octavos al Besiktas. Ambos equipos pertenecen a la misma Comunidad Autónoma y han alcanzado un nivel deportivo durante el inicio del siglo XXI bastante parejo, al disputarse entre sí las mismas plazas en la competición, tanto en Primera División como en encuentros internacionales, pugnando por entrar en competiciones europeas como la Liga de Campeones y la Copa de la UEFA. El equipo parecía otro y completó una magnífica segunda vuelta del campeonato recuperando fútbol y dignidad, ascendiendo hasta un triste pero muy trabajado 9.º puesto, que al menos sirvió para que el equipo disputara en verano la Copa Intertoto que daba acceso a la UEFA. Hasta quince futbolistas causaron baja, entre ellos el curioso pack de seis futbolistas al Mallorca. En la temporada 2001-2002, con un hasta entonces desconocido Rafa Benítez como entrenador y con futbolistas como Albelda, Baraja, Vicente, Cañizares, Carboni, Djukic, Angloma, Ayala o Rufete entre otros, el Valencia gana de nuevo un título de Liga tras 31 años sin conseguirlo. Termina la época dorada del club con la marcha de Rafa Benítez por discrepancias con el director general Manuel Llorente, y el técnico es sustituido por el italiano Claudio Ranieri en su segunda etapa valencianista.
Tras una nefasta temporada, el técnico Jorge Valdano pidió a Paco Roig en el verano de 1997 una casi total renovación del vestuario, y así fue. Este error, sumado a la imagen y las tres derrotas consecutivas, terminó con la paciencia de un ya nervioso presidente Paco Roig que no le tembló el pulso al destituir a Jorge Valdano como técnico. Surgió con la idea de suministrar jugadores para la primera plantilla del club, idea fue del antiguo entrenador, Leopoldo Costa, el cual estaba entrenando en 1944 al CD Cuenca, equipo de la ciudad de Valencia que tomaba el nombre de su calle, y pensó que este equipo podía ser perfectamente el equipo filial del Valencia CF. ↑ «La encrucijada del Mestalla». ↑ «La Fundació Valencia CF da un nuevo impulso a su Centro de Formación». ↑ «La dureza de Otto Bumbel». ↑ Superdeporte. «El nuevo estadio será una olla a presión». ↑ «1944/1945 – Nace el Mestalla, filial del Valencia». En la temporada 2003-2004 repite título y también gana la Copa de la UEFA, logrando así un doblete histórico y situando al Valencia como mejor equipo del mundo del año 2004 según la IFFHS.