El 12 de octubre de 1949 el equipo disputó y ganó la Copa Eva Duarte de 1949 en el Metropolitano por 4-7 al vigente campeón de liga, camisetas futbol baratas el Barcelona. Pero si algo marcó esta temporada fue el desastre de la Gran Riada que sufrió Valencia el 14 de octubre de 1957 al desbordarse el río Turia provocando enormes destrozos. La sección de atletismo del Valencia CF se creó en el año 1924 y se mantuvo como sección deportiva durante 70 años, desde su creación en 1924 hasta el año 1994, en el que la sección pasa a denominarse Valencia CA a partir de la temporada 1994-1995, y el club se desvincula de ella. Los años 60 empezaron con una irregular temporada a las órdenes del técnico Domingo Balmanya y con Vicente Iborra Gil como presidente, aunque se mejoró durante la segunda vuelta y se terminó en quinta posición. Durante la temporada los malos resultados hicieron que también dimitieran Eduardo Cubells y el entrenador Luis Miró, que fue sustituido por el querido Jacinto Quincoces hasta final de temporada y casi mete al equipo en la final de Copa.
Esta final también se recuerda por una imagen del portero Quique celebrando el triunfo sentado sobre el larguero de una de las porterías. ↑ «La UE sobre recalificación Mestalla». ↑ «Valencia CF SAD en La Liga». ↑ Página oficial del Valencia CF (ed.). Varios Campos del Fútbol 7 con césped artificial. Campo 3: Fútbol 11 (105 x 65 metros). Tenía una capacidad para 5.000 espectadores y unas dimensiones de 91 x 47 metros (orientación Este-Oeste). Los años 50 arrancaron con las obras de remodelación de Mestalla con un proyecto conocido como Gran Mestalla para acoger a 40 000 espectadores. No pudo estrenarse mejor al empezar eliminando al Nottingham Forest con un 2-0 en Mestalla (con Waldo anotando los dos primeros goles europeos en la historia del club) y un contundente 1-5 en Inglaterra, y posteriormente al Lausanne suizo, al potente Inter de Milán (con doblete de goles del joven canterano Guillot en la ida) y al MTK Budapest en semifinales con dos goleadas por 3-0 y 3-7 (con tres goles del uruguayo Héctor Núñez, dos de Waldo y otros dos de Guillot).
La ida se disputó el 8 de septiembre de 1962 en Mestalla y terminó con un histórico 6-2 con tres goles de Guillot, dos de Nando Yosu y uno de Héctor Núñez. Los rivales eliminados fueron los escoceses Celtic Glasgow y Dunfermline Athletic FC, estos últimos en una durísima eliminatoria que terminó igualada a seis goles (4-0 en Mestalla y 6-2 para los escoceses en la vuelta) y tuvo que decidirse con un partido de desempate en Lisboa que terminó con victoria valencianista con un gol del histórico central valenciano Manolo Mestre. En junio se disputó y ganó la tercera edición del Trofeo Naranja frente a Sporting de Lisboa y Blackpool FC. Poco después se disputaría un partido homenaje a él con los beneficios para su familia, y se disputó también la segunda edición del Trofeo Naranja que esta vez sí ganó el Valencia frente a Botafogo y F. C. Barcelona.