Esa misma temporada el delantero Waldo fue el primer brasileño en ganar el Trofeo Pichichi con 24 goles. La ida fue el 12 de junio de 1963 en el estadio Maksimir y terminó con un disputado 1-2 para los valencianistas con goles de Waldo y Urtiaga que remontaron el gol inicial yugoslavo. Fue un encuentro amistoso ante el PSV Eindhoven que finalizó con victoria holandesa por 5-6 con tres goles del homenajeado matador argentino y otros tres goles del joven brasileño Romario. El técnico Mundo dimitió tras la quinta jornada y se contrató a Joseíto para el resto de temporada, y nombró capitán al joven Juan Cruz Sol. En abril de 1970, en plena competición, el presidente Julio de Miguel anunció por sorpresa que la siguiente temporada el técnico sería el hispano-argentino Alfredo Di Stéfano, que acababa de proclamarse campeón dirigiendo a Boca Juniors. El 25 de abril de 1993 se celebró un partido homenaje a Mario Alberto Kempes, que había terminado un año antes su etapa como futbolista en equipos de la liga austríaca. Como anécdota cabe destacar una victoria del CD Mestalla ante el Real Madrid en la ida de los dieciseisavos de final de la Copa 1964-65 por 2-1, un hecho sorprendente e histórico para el equipo filial, ya que entonces se permitía a los filiales disputar el torneo de Copa, aunque en el partido de vuelta los madridistas golearon al Mestalla.
Se enfrentó a Crusaders FC, Steaua Bucarest y fue eliminado por el Bayern de Múnich en los cuartos de final. Los rivales eliminados fueron los escoceses Celtic Glasgow y Dunfermline Athletic FC, estos últimos en una durísima eliminatoria que terminó igualada a seis goles (4-0 en Mestalla y 6-2 para los escoceses en la vuelta) y tuvo que decidirse con un partido de desempate en Lisboa que terminó con victoria valencianista con un gol del histórico central valenciano Manolo Mestre. En la Copa de Ferias se eliminó al Shamrock Rovers FC, al Rapid Viena, el Ujpest Budapest y el Colonia. Ganar la Copa le permitió disputar por primera vez la Recopa de Europa, campeonato organizado para los campeones de Copa de países europeos. En la Copa por primera vez se enfrentó a su filial en dieciseisavos de final, el C. D. Mestalla, y se alcanzaron las semifinales, quedándose a las puertas de una final. No se pudo repetir el éxito en la tercera final europea.
En la tercera final europea consecutiva esperaba el debutante Real Zaragoza. En los dos años posteriores se alcanzaron los octavos de final en la Copa de Ferias, eliminados en ambas ocasiones por el Leeds United. El verano de 1996 supuso de nuevo varios cambios muy importantes para los siguientes años. Además, también se anunció a Blu Products como nuevo patrocinador principal, después de 3 años sin contar con alguno. El club ha emitido un comunicado que reza así: «BLU Products, con el objetivo de posicionarse en el mercado global, continúa su alianza en el Valencia Club de Fútbol promocionando su marca y su amplia gama de terminales BLU de gran calidad e innovación tecnológica reforzando la estrategia de marketing de la compañía americana para expandirse mundialmente. El responsable de Marketing del Valencia CF, Jorge Garcia, ha expresado que para el Club «es un orgullo que una marca internacional como BLU confíe en el Valencia CF una temporada más. El mes de agosto se mueve el mercado debido a la inyección económica que había hecho la RFEF la cual permite al Valencia C.F.